El Centro de Estudios Superiores del Estado de Sonora (CESUES) se creó el 03 de octubre de 1983 por la Ley número 28, publicada en el Boletín Oficial del Gobierno del Estado. 

En 1984, en Navojoa, se establece la Escuela Superior de Acuacultura, ofreciendo la Ingeniería en Acuacultura.

En 1992 se crea la Unidad Académica Navojoa, desapareciendo la Escuela Superior, ofreciendo la Ingeniería y la carrera de Sistemas Computacionales Administrativos. 

En el 2007 inicia el modelo educativo denominado ENFACE (Enfocado en el Aprendizaje y Competencias del Estudiante), el cual está fundamentado en tres ejes: Enfoque Educativo Centrado en el Estudiante y en el Aprendizaje, Formación basada en competencias profesionales y Flexibilidad curricular y académico- administrativa. En este año se incorpora el programa educativo de comercio internacional.

 En el 2008 se agregó a la oferta educativa el primer programa educativo del área de la salud, Nutrición Humana, dando seguimiento con Entrenamiento deportivo en el 2016, continuando con fisioterapia y enfermería en el 2017. 

En el 2012, atendiendo instrucciones del Ejecutivo Estatal de corresponder con mayor capacidad y eficiencia a la juventud estudiosa, nuestra institución se transforma tomando una nueva identidad institucional: a partir del 1ero de septiembre de 2012, se transforma en Universidad Estatal de Sonora (UES). 

La Unidad Académica Navojoa ha crecido exponencialmente en los últimos años, en su oferta educativa y en su matrícula, atendiendo las necesidades apremiantes de educación superior otorgando mayores oportunidades para estudiar una carrera profesional a los egresados de las instituciones de educación media superior, de la región sur de Sonora, que no cuenten con los recursos económicos para cambiar su residencia. 

En contribución a la pertinencia de la oferta educativa, del año 2016 a la fecha se han incorporado nuevos programas educativos, lo cual ha permitido ser la universidad del municipio de Navojoa con mayor oferta educativa para los jóvenes de esta región. La Unidad Académica Navojoa actualmente oferta 15 programas educativos: 6 ingenierías y 9 licenciaturas. En el área de posgrado se oferta la Maestría en Sistemas de Producción Biosustentables. 

Actualmente la UES Navojoa cuenta con plataformas digitales, herramientas que se utilizan en las diversas modalidades de estudio. Para las clases del sistema escolarizado se utiliza la plataforma EdUES, y SMRT para las clases de inglés. Actualmente la Unidad Académica Navojoa cuenta con una infraestructura de 15 edificios que albergan a toda la comunidad universitaria.